建築基準法第三十九条は以下のとおりです。

（災害危険区域）
第三十九条　地方公共団体は、条例で、津波、高潮、出水等による危険の著しい区域を災害危険区域として指定することができる。
２　災害危険区域内における住居の用に供する建築物の建築の禁止その他建築物の建築に関する制限で災害防止上必要なものは、前項の条例で定める。
出典：e-Govポータル　（https://www.e-gov.go.jp）

地方公共団体は条例で、津波、高潮、出水等で災害危険区域に指定すると、建築制限をすることができるという内容です。
東京都でも土砂災害特別警戒区域内であっては、土砂災害防止法に基づき、建築制限を行うところはありますが、津波、高潮、出水についてはありません。建築規制ではなく、広く情報（東京都公式ホームページ）（浸水予想エリア及び予想深さ、過去の浸水状況など）を公開し、区市町村の洪水ハザードマップ（世田谷区ホームページ）に避難所などの情報を取り込み、避難体制の構築を行っています。またインフラ整備や体験学習など（東京都公式ホームページ）を都民に発信することで、都市計画の観点で土地の有効活用を止めない対策を行っています。

建築基準法第三十九条に基づき災害危険区域を指定している地方公共団体はあります。
宮崎市は出水について、災害危険区域（宮崎市ホームページ）の指定及び緩和措置（宮崎市ホームページ）を行っています。建築を規制するだけでなく、予想最大浸水深以上に地盤を嵩上げすれば建築できる等を規定しています。

区市町村は避難体制の構築を行っていますが、東京都内は人口が多いためすべての人を避難所に収容できないため、世田谷区でも在宅避難の誘導（世田谷区ホームページ）を行っています。東京都では在宅避難と避難所の留意点（東京都公式ホームページ）を整理しています。

出水、地震、火山灰など要因ごとまたは複数のことが重なり合って災害が起こります。在宅避難にするのか、どこを補強すれば在宅でも安心できるのか、あるいは避難所に移動するのか、考えを確立するとよいと思います。